根据修正前我国对《商标法》第27条第1款的理解，对商标转让中以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的行为，被侵权人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。本案中，段某利用承包天源制香厂的便利条件，私自将“紫禁城”商标转让给密云亨通制香厂的行为，属于法律规定的以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的情形。对商标局核准的该转让申请，天源制香厂可以向商标评审委员会提出撤销转让注册不当商标的申请，以维护自己的合法权益。商标评审委员会收到裁定申请后，应当通知有关当事人，并限期提出答辩。商标评审委员会作出维持或者撤销转让注册商标的裁定后，应当书面通知有关当事人。
    但根据对修正后我国《商标法》第41条的理解，目前商标评审委审理的商标争议案件不再包括商标转让注册不当争议案件，当事人对商标转让注册不当提起的纠纷全部由人民法院受理裁决，因此，本案中被侵权人应当按照《民事诉讼法》的规定直接向人民法院提起民事诉讼，要求认定转让注册商标协议无效，然后持人民法院生效判决向商标局要求撤销侵权人以不正当手段取得商标转让注册，以保护自己的商标专用权。
   
    [法律依据] 《商标法》第41条。